1、感染和中毒是首要因素。已經比較明確的是在胎兒期母體感染風疹、流感和其他病毒性疾病，尤其在初孕3個月，容易招致先天性畸形和智力障礙。圍產期羊水感染、嬰兒期腦炎、腦膜炎、性病等嚴重感染，嚴重妊娠毒血癥，孕母受到鉛、汞、化學品和藥物毒性作用，皆可影響腦功能，導致低能。
2、外傷和物理因素放射線照射（診斷或治療）、難產、產傷，胎兒窒息缺氧損害腦神經細胞最為嚴重，低能發病率頗高。
3、代謝和營養障礙各種代謝障礙，包括內分泌障礙等皆可導致低能，多數與先天性遺傳病有關（與先天性酶的缺陷有明顯關系）。營養障礙包括各種原因的攝入不足或吸收不良。
4、頭腦疾病包括腦腫瘤、多發性硬化癥、遺傳性共濟失調、各種神經變性疾病所致精神發育不良。
5、原因不明的產前因素或疾病如先天性腦畸形等。
6、染色體異常包括性染色體和常染色體畸變，后者畸變導致精神缺陷較前者嚴重。
7、未成熟兒世界衛生組織規定，新生嬰兒體重不足2500克，或胎齡不到37周娩出者，均稱未成熟兒。由于軀體發育不全，必然影響腦功能和智力發育。如新生兒體重低于1500克，低能發病率可高出數倍至10余倍。
8、嬰兒期精神疾患如嬰兒孤獨癥、心理嚴重缺陷，均影響正常學習過程，影響智力。
9、心理—社會因素早期社會隔絕、人為情感剝奪、缺乏母愛、孤兒無人照料、嚴重精神疾病患者的子女、文化閉塞、不適當的教導方式等均可影響智力水平。
10、原因不明約占本癥40%～60%，有待深入研究。
預防低能的方法，主要是根據上述原因，有針對性地加以消除或避免。比較強調的是禁止近親結婚，禁止有明文規定的遺傳性明顯的患者生育（因雙親低能造成子女低能的發病率高達42%～60%），開展遺傳咨詢，婚前身心健康檢查，避免孕期病毒感染，避免接觸放射線物質、有害有毒物質以及藥物等。