口腔潰瘍在過去總被認為是“火氣大”的緣故，但是，最近醫學界經過臨床及免疫研究，已確定其病原為病毒感染，而導致口腔潰瘍的兩種病毒分別為人類巨細胞病毒和ER病毒。其中人類巨細胞病毒潛伏在血液中的T淋巴細胞，ER病毒則潛伏在血液中的B淋巴細胞，人們一旦感冒、情緒壓力大、身體疲倦或精力不足、免疫力差等，病毒就會發作。
此外，口腔潰瘍也被認為與遺傳、荷爾蒙等因素有關，如女性月經前口腔潰瘍會有惡化情形，更年期婦女則病例有升高現象。中醫認為，要改善復發性口腔潰瘍應注意排便通暢、睡眠充足，尤其是大便通暢是復發性口腔潰瘍治療過程中不可缺少的治療法。