醫生表示，嬰幼兒的體溫變化幅度大，引起發燒原因有很多，可區分成疾病因素與非疾病因素。
疾病因素
細菌、病毒感染：
因疾病所引發的小兒發燒現象，多半是因細菌或病毒感染所致。醫師指出，像是感冒、扁桃腺炎、氣管炎、肺炎、中耳炎、腸胃炎、腦膜炎等疾病，多會伴隨發燒癥狀。
癌癥、腫瘤、自體免疫性疾病：
癌癥、腫瘤或自體免疫性疾病，也會釋放出一些細胞激素，使體溫調節中樞改變原先設定，因此也會有不明的發燒癥狀出現。
泌尿道感染：
除了上述小兒常見疾病會引起發燒，護理師指出，若新手爸媽為小寶寶的肛門清理不當，或是沒勤換尿布，也容易造成小兒泌尿道感染，引發高燒。她說：“像是男寶寶的包皮較緊，女寶寶的尿道較短，尿道離肛門口又近，爸媽若未仔細清潔，就容易造成泌尿道感染。”
專家也表示，對新生兒來說，當出現癥狀不明的高燒時，驗尿檢查是必要手續。典型的泌尿道感染癥狀，除了發燒，還會有尿頻、尿急、小便痛與小便失禁等現象。相對于較大孩子能表達除了發燒以外的不適感受；小小孩因為表達能力有限，容易造成病情誤判，嚴重時甚至會引發敗血癥。陳玉梅還指出，幼兒的發燒篩檢，除了會透過驗尿程序來檢測是否有泌尿道感染，一般大型醫療院所，對于三個月以下的嬰兒發燒處理流程，醫生會依病況進行血液、糞便，甚至抽取少量脊髓液做檢驗，以排除其它感染的可能性。
非疾病因素
專家指出，由于新生兒腦部下視丘功能發展還不完整；加上寶寶身體體積小，相對體表面積大；且汗腺不發達，散熱機制較差，“一般幼兒的體溫，多會比大人稍高個0.3～0.5℃。”而有哪些“非病理性因素”會引發小兒高燒，根據醫師說法，可歸納出下列原因：
環境因素：
舉凡室內通風不良，或是爸比媽咪幫小寶寶穿太多衣服，蓋太厚棉被等，都易讓小寶貝因為身體體溫無法外散，造成“假性發燒”現象。另外，寶寶剛吃完熱食或牛奶，也會因血液循環快而有體溫過高現象；而寶寶剛洗完澡后，因水會吸熱，此時體溫會稍微偏低。
劇烈運動：
當小孩子在情緒激動、哭鬧，或從事劇烈運動的當下及其后：也會出現暫時性體溫升高現象。正常的孩子，多半在活動中止后的半小時至一小時內，體溫即可回復正常。
腦部受傷或長瘤：
腦部功能受損，有可能傷及體溫調節中樞功能，如此容易造成體溫升降調控失衡，易使體溫產生劇烈起伏。
特殊藥物的副作用：
如小兒接受預防針注射，也有可能會因為某些疫苗特性，引起發燒等副作用反應。