嬰幼兒肥厚性幽門狹窄大多為先天性疾病，至今發病原因尚未完全明了，有關專家認為是因為先天性植物神經發育不平衡所致，它會造成幽門部分梗阻，發病率大約為0.1%-0.3%。
然而，157名新生兒因意外地與一位患百日咳的照管者密切接觸而被接受紅霉素治療，以預防傳染上百日咳，結果其中有7名新生兒發生肥厚性幽門狹窄，發病率高達5%。這種疾病是胃底部的肌肉異常增大，從而阻止了食物從胃部進入腸道，以嘔吐為突出表現，大多在出生后2-3周開始逐漸加劇，呈持續噴射性嘔吐，嘔吐物為奶塊，不含膽汁，寶寶吐后即又要吃奶，常可在上腹部觸摸到一個條狀腫塊，確診后需進行手術治療。因此專家們認為紅霉素是引起嬰幼兒患肥厚性幽門狹窄的危險因子，因此給新生兒用時一定要慎重。