例如某些患有先天性疾病的嬰兒，如苯丙酮尿癥的嬰兒，由于其體內缺少苯丙氨酸羥化酶，不能使苯丙氨酸轉化為酪氨酸，而造成苯丙氨酸在體內的堆積，嚴重的可干擾腦組織代謝，造成功能障礙，以致這類患兒生后常表現為智能障礙，毛發和皮膚色素的減退，臨床出現頭發發黃，尿及汗液有霉臭或鼠尿味。因此一旦確定診斷，患兒就應避免苯丙氨酸飲食的攝入，雖然母乳中苯丙氨酸的含量較牛奶明顯為低，但這些嬰兒還是最好不吃母乳或僅吃少量母乳為宜，平時應攝入不含苯丙氨酸的特制奶粉或低苯丙氨酸的水解蛋白質，再輔以奶糕及米粉、蔬菜等，并應經常檢測嬰兒血中苯丙氨酸的濃度。還有一種疾病叫乳糖不耐受癥，它是由于患兒體內乳糖酶的缺乏導致乳糖不能被人體消化吸收，臨床常表現為嬰兒吃了母乳或牛乳后出現腹瀉，由于長期腹瀉不僅直接影響到嬰兒的生長發育，而且可造成免疫力的低下引發反復感染，對于這部分患特殊疾病的嬰兒也應暫停母乳或其他奶制品的喂養而代之以不含乳糖的配方奶粉或大豆配方奶。至于患有某些疾病的母親，如肺結核、精神病、惡性腫瘤等，她們的嬰兒也不宜吃母乳。
當然，不宜母乳喂養的嬰兒在臨床只是極個別的現象，對于絕大部分正常的嬰兒來說，還是應該提倡母乳喂養為主。