應該怎樣決定是否應用抗生素呢？我們可以根據以下原則綜合考慮。
1、病原不同，用藥不同
根據臨床表現，通常醫生可以推斷病原菌的種類，如能結合必要的輔助檢查（包括病原學檢查），更有助于有效抗生素的選用；如對病原菌診斷不明，也可選用廣譜抗生素。家長為病兒自選抗生素，常缺乏針對性，可能造成療效不佳或無效，也可引起一些副作用，并有可能誘發耐藥菌的產生，造成后期治療的困難或耐藥菌的傳播。抗生素無高級與低級之分，只有病原菌對藥物敏感與不敏感之分，以價格判斷藥物好壞、高級低級是沒有道理的。有時候，醫生能夠通過細菌培養的方式，判斷出寶寶的病情是由什么病菌引起。僅僅從發燒、有痰、病了一星期等癥狀并不足以讓醫生診斷出寶寶的病情究竟是由細菌還是病毒引起。因此，遇到上述癥狀時，醫生沒有充足的理由來開出抗生素類藥物的。如果確實是細菌感染引起的，那么使用抗生素類藥物能夠迅速在24－48小時內緩解癥狀，而且一定要堅持服完一個療程的藥物，如果中途停藥，可能會讓寶寶再次發病。
2、不能盲目同時服用兩種以上抗生素
兩種或兩種以上抗生素同時使用稱為聯合用藥。同時服用兩種以上抗生素，有可能造成用藥無效的后果。通常，有嚴重感染或混合感染，病原菌不明或單一抗生素不能控制，又或者較長期應用抗生素細菌產生耐藥性可能者，以及聯合用藥可使毒性較大的藥物劑量得以減少時，才可在醫生的指導下聯合用藥。一般需用抗生素治療的感染性疾病僅用一種抗生素即可，多用藥多保險的想法是錯誤的。
3、藥物劑量由醫生來確定
針對病原菌選藥后，需從患兒病情、藥物在體內代謝特點、給藥順從性等方面考慮，來決定給藥劑量及方式。為確保抗生素很好地發揮作用而不對機體產生危害，掌握恰當的抗生素劑量是必須的。在兒童，藥物劑量通常是由醫生根據診斷、病情、體重或體表面積計算得出，另外，亦應考慮小兒機體代謝狀態，對患有肝、腎疾病的小兒，除應避免應用具有相應毒副作用的藥物外，還應仔細考慮用藥劑量。認為兒童用藥即為簡單的成人劑量減半的概念是錯誤的。抗生素治療療程因疾病種類、病情嚴重程度、對現有治療的反應等而異，具體應咨詢醫生，認為癥狀消失即為病愈的概念是錯誤的。
4、一般不需預防用藥
預防性應用抗生素的目的在于預防特殊細菌侵入傷口或血液循環而發生感染，因此部分外科手術需預防性用藥。由此可見，通常情況下不應預防性應用抗生素。
5、病毒感染不需要馬上應用抗生素
很多小孩發熱剛開始的時候，可能是病毒引起的上呼吸道感染，而抗生素對病毒感染是無效的，因此這個時候不需使用抗生素。不少醫師主張，在寶寶有發熱、感冒時，先進行對癥處理，并選用一些中藥清熱解毒的沖劑或糖漿服用，對發熱等比較明顯的也可以應用一些對癥的治療藥物，如退熱藥等。引起“秋季腹瀉”的輪狀病毒跟其它病毒一樣，是不怕抗生素的，此時如應用抗生素，可殺滅腸道的正常細菌，容易繼發菌群失調癥、二重感染、影響腸道的吸收功能等。另外，應用抗生素對于飲食不當、氣候突變等原因引起的非感染性小兒腹瀉也是沒有任何效果的。事實上，兒童上呼吸道感染95％為病毒感染所致，下呼吸道感染中也有許多是病毒感染，使用抗生素不僅沒有效果，反而容易導致正常菌群紊亂，增加毒副作用及耐藥性。所以，不要輕易用抗生素為孩子治療感冒或腹瀉等小病，不要隨便到藥店購買抗生素給孩子服用，抗生素應用應由兒科醫生決定。沒有細菌感染的依據，不要使用抗生素。