在不育夫婦中，特別是那些所謂不明原因的不育夫婦中，男性精液中衣原體和支原體等病原體存在的比例遠遠高于正常人，因此可以認為這些病原體是導致不育的因素之一。
* 因尿道炎導致尿道狹窄和射精功能障礙尿道感染可以直接影響尿道的上皮，在感染的局部形成疤痕。這種情況嚴重時可造成尿道狹窄，造成排尿困難，同時也可以造成射精的障礙。
* 尿道鄰近器官的感染如附睪炎，可造成梗阻，使得精子不能運送出睪丸。如前列腺炎，精液里面就可能有大量白細胞，這將導致不育。
* 誘發產生抗精子抗體衣原體和支原體等可誘導人體產生抗體，而這些抗體可能會誘導人自身產生抗精子抗體，從而造成不育。
* 對精子的直接作用支原體是一種很微小的生物，可以吸附在精子中部，影響精子的活力。
預防男性非淋菌性尿道炎，首先應該潔身自好，杜絕不潔性生活。如果發現有相應的癥狀，應立即到醫院進行有針對性的治療，此病是可以治愈的。