新生兒嘔吐的原因可以是器質性(需要手術)，也可以是功能性的(如幽門痙攣)。
一、 幽門肥大性狹窄
幽門是胃的出口，是通往腸道的一個"關卡"。由于幽門肌肉畸形增厚、肥大、水腫，通往腸子的"關卡"只能打開得很小，使胃內的食物不能順利進入腸道。胃壁肌肉強烈收縮，既然奶塊進入腸子的阻力很大，于是就從嘴里返流出來。這樣，病兒處于"饑餓"狀態，勢必日益消瘦。這種疾病要到外科診治，明確診斷后通過一次簡單的手術，解除幽門狹窄。嬰兒吃下去的奶就能順利進入腸道，身體得到了足夠的營養，也就很快恢復健康。
要注意與幽門肥大性狹窄鑒別的另一種病叫幽門痙攣，雖有嘔吐但不嚴重，不必手術，吃一點解痙藥會慢慢自愈。
患先天性幽門肥大性狹窄的新生兒，出生后一切正常，偶然在吃奶之后吐幾口奶。但是到了十天左右，嘔吐次數逐日增多，吐出的奶量也越來越多。吐的動作十分劇烈，噴得很遠，嘔吐的聲響也較大。有時吐出的奶糊沾得孩子滿頭滿面，塞住口鼻透不過氣來。嘔吐物是奶液或奶凝塊，不含有黃色的液體，可帶有酸味，吐出的量比吃入的一頓奶要多。吐過之后孩子又哭吵著要吃，但吃奶后不多一會又惡心、嘔吐。小兒越來越瘦，成了一個皮包骨頭、滿額皺紋的"小老頭"。
二、腸梗阻(腸子不通)
新生兒時期的腸狹窄與腸閉鎖引起腸子不通是嚴重的疾病。治療效果的好壞在很大程度上決定于早期發現，早期診斷和早期治療，而早期發現的關鍵在認識這種病的表現。
患以上疾病的新生兒，腸道在胎兒發育過程中由于某些因素而停頓，引起腸腔不通暢。狹窄多發生在十二指腸，而閉鎖多發生癥狀。嬰兒在出生后或出生后一天就開始出現嘔吐，而且是越吐越劇烈。可以吐出唾液、奶塊、黃綠色的膽汁、腸液，甚至是大便樣的東西。小兒的全身情況惡化，沒有胎糞排出，或僅有很少胎糞，或有青灰色的粘液樣物排出。如腸子的畸形位置高，腹部可以不脹，反之可出現腹脹。
診斷明確后必須及時手術把腸子接通，小兒就有康復的機會。
三、腸旋轉不良
腸旋轉不良也是引起嘔吐的一種常見病。患有腸旋轉不良的小兒和正常新生兒一樣，在24小時內就排出墨綠色的胎糞，吃奶也很好。但是到了出生后第3-5天，卻開始出現嘔吐，次數多少不一，時輕時重。有些小兒嘔吐可自行緩解一段時間。雖然嘔吐時斷時續很不規則，但有一個共同的特點，即吐出物內都含有膽汁。這是因為先天性的各種原因，壓迫了十二指腸服管開口以下的部位，使膽汁返流至胃部，故有黃綠色的嘔吐物。癥狀的輕重和壓迫程度成正比。病情輕的，嘔吐可能是唯一的癥狀，病情重的，因嘔吐嚴重可引起消瘦，大便干結。如果出現便秘說明疾病已發展到了較為嚴重的階段。
有些小兒吐得不嚴重，偶然吐幾次，可不必處理。嘔吐嚴重的必須去醫院診治。通過X線鋇劑灌腸或鋇餐檢查，證實是腸旋轉不良的，手術是唯一有效的治療方法。雖然手術有一定的并發癥，但效果很好，手術后小兒很快就恢復健康。