⒈全身性疾病：導致小兒期頭痛最常見的原因是全身性疾病。此時，患兒的頭痛癥狀多種多樣，輕重程度不等，但往往是暫時性的。常見的有以下幾種情況：
⑴發熱：任何原因(感染、高溫環境、脫水等)所致的發熱，都有可能導致不同程度的頭痛、頭昏和頭脹。
⑵慢性消耗性疾病或其他原因所致的精神緊張：精神緊張、過度疲勞是頭痛的常見原因，尤其是體力衰弱、睡眠休息不夠、饑餓或營養供給不足時多見頭痛。頭痛常于飯前加重，且患兒會覺得疲乏無力。適當休息、增加營養或控制原發病，頭痛可以逐漸緩解。
⑶高血壓：小兒期高血壓患者不多，大多是由腎臟疾病(如急性腎炎、慢性腎炎、腎發育不良等)引起的。高血壓患兒大多數會頭痛，常為全頭脹痛或雙顳側頭痛。如果出現持續性的比較劇烈的頭痛，伴嘔吐、復視等，應注意是否發展為高血壓腦病(腦水腫)。
⑷代謝失調的疾病：如尿毒癥、酸中毒、糖尿病昏迷早期、低血糖等。
⑸各種中毒：一氧化碳中毒，苯胺類中毒，金屬中毒，磷、氯、硫殺蟲劑和農藥、氰化物、亞硝酸鹽類、四氯化碳、汽油、硫化氫等中毒均可導致頭痛，患兒同時迅速出現其他中毒癥狀，結合中毒史可以鑒別。
⑹神經官能性頭痛：頭痛輕重程度和部位不一，檢查不出異常體征。這種情況在小兒期比較少見，應慎重排除其他原因，才可考慮為此病。
⒉顱腦外局部因素：在小兒期，因眼、鼻、鼻咽、耳、頸部疾病而發生頭痛者甚為常見，癥狀也各不相同。
⑴眼部疾病：頭痛多見于屈光不正(近視、遠視、散光)、眼內壓增高性疾患。其中，屈光不正所致的頭痛最多見，此時的頭痛多發生在前額部，有時向枕后放射，表現為持續性脹痛，有時較劇烈，看書或集中注視一點后頭痛加重。小兒角膜基質炎、虹膜炎、虹膜睫狀體炎、葡萄膜炎、先天性晶體脫位、先天性青光眼、眶內腫瘤等眼部疾病均可使眼內壓增高，導致患兒有明顯的頭痛癥狀。
⑵鼻竇炎：急、慢性鼻竇炎常伴有頭痛。頭痛部位與發炎的鼻竇黏膜在同側，與體位及鼻分泌物排空條件有關，而且有一定的時間性。
⑶鼻咽部疾病：腺樣體肥大、咽后膿腫、鼻咽部顱咽管瘤可引起一側或雙側前額疼痛。
⑷中耳炎：急、慢性中耳炎均可引起頭痛。頭痛為反射性，與患耳同側。
⑸頸部疾病：頭痛可見于頸肌損傷或炎癥、頸椎病變(骨髓炎、腫瘤)、頸部皮膚或皮下組織炎癥等。此種頭痛多發生在后枕部，與頸部疼痛同時發生，且在顱頸交界部位有壓痛，也有的呈放射性頭痛，可持續數月，時輕時重。
⒊顱腦內疾病：小兒期顱腦內疾病幾乎均有頭痛癥狀，大部分由顱內壓增高、硬腦膜直接刺激或牽引以及腦血管異常收縮、舒張或搏動等原因引起。此外，腦神經及頸神經對痛覺較敏感，受損時亦可發生頭痛。
顱腦內疾病所致的頭痛常伴有其他神經系統癥狀，如意識障礙、腦膜刺激征、淺和深反射異常、植物神經功能失調、定位和運動障礙、共濟失調和感覺異常等。
顱腦內疾病引起的頭痛常見于以下幾種情況：
⑴中樞神經系統感染性疾病：腦膜炎、腦炎、中毒性或感染性腦病。
⑵顱腦損傷：腦震蕩、硬膜下血腫、蛛網膜下腔出血、腦組織損傷。
⑶顱內占位性病變：各種顱內腫瘤和轉移瘤、腦寄生蟲病和腦膿腫。
⑷腦血管病變：若患兒的顏面有明顯血管痣且出現腦神經癥狀時，應考慮顱內腦膜血管瘤的可能性。