1、阿米巴痢疾：是由阿米巴原蟲引起的一種胃腸道原蟲性疾病，比較少見。臨床特點是起病緩慢，不發熱或只有低熱。出現不同程度的腹痛、腹瀉癥狀，但無膿血便，而是呈現果醬樣大便，糞便量多，無里急后重。鏡檢可見阿米巴原蟲。
2、空腸彎曲菌感染：是由空腸彎曲菌引起的急性腸道傳染病。臨床以起病較急，中度發熱，出現急性腹痛、腹瀉和血性便、也可伴有里急后重，容易被誤診為菌痢，主要鑒別點有三：一是兒童和老年人為主要發病對象，成年人少見；二是糞便中有較多中性白細胞和紅細胞；三是厭氧環境下細菌培養可見彎曲桿菌。
3、大腸桿菌性腸炎：致病性大腸桿菌腸炎好發于兒童，患病后可出現發熱、腹痛、腹瀉、粘液便，需要與菌痢鑒別。鑒別點主要包括：(1)多發生于 5－8月份，(2)發病較緩，開始為輕型，不發熱，很少嘔吐，逐漸發展為重型。(3)大便呈蛋花湯樣，腥臭，有黏液。(4)大便鏡檢有脂肪滴、黏液和少量的細胞。
4、細菌性食物中毒：多由沙門菌屬及是嗜鹽菌引起，偶爾可因金黃色葡萄球菌所致。臨床特點是有一同進食的多人先后患病，并有相類似的表現，這是細菌性食物中毒區別于菌痢的主要依據。一旦食物中毒就會出現腹痛、腹瀉，或伴血便和粘液便，但絕大多數情況下為黃色稀便或水樣便，一般無里急后重，而惡心、嘔吐劇烈，嘔吐可先于腹痛、腹瀉，也可同時發生，這是與菌痢鑒別的另一鑒別點。
5、急性出血壞死性腸炎：這是一種急性起病，中毒癥狀重的感染性疾病，一般是由產氣夾膜芽胞桿菌感染所致，腹痛、腹瀉、便血、發熱為本病的主要癥狀，需要與菌痢鑒別。急性出血壞死性腸炎的腹痛多為持續性隱痛或陣發性絞痛，陣發性加重。可有腹部壓痛點但比較彌散，重者出血腹膜刺激征。大便腥臭呈糊狀，暗紅色或鮮紅色，每次量多，但無黏液、無膿液及里急后重，為其主要特點之一。
6、腸套疊：多見于嬰幼兒，是因一段腸管套入其遠端或近端的腸腔內而使該段腸壁重疊并擁塞于腸腔。腸套疊的臨床特點是腹痛、嘔吐和暗紅色大便或血樣大便，需要與菌痢鑒別。鑒別點包括：(1)陣發性腹痛、初起較頻繁，隨后可減輕；(2)查體有腹部包塊，多位于右上腹部或腹中部，表面光滑，稍可移動，腹痛發作時包塊愈加明顯，伴有腸鳴音亢進；(3)鋇劑灌腸X線檢查可協助診斷。韓詠霞