(1)新生兒期肝腎均未發育成熟，肝酶的分泌不足或缺乏，腎清除功能較差，因此新生兒感染時應避免使用毒性大的抗菌藥物，包括主要經腎排泄的氨基糖苷類、萬古霉素、去甲萬古霉素等，以及主要經肝代謝的氯霉素。確有應用指征時，必須進行血藥濃度監測，據此調整給藥方案，個體化給藥，以確保治療安全有效。不能進行血藥濃度監測者，不可選用上述藥物。
(2)新生兒期避免應用或禁用可能發生嚴重不良反應的抗菌藥物。可影響新生兒生長發育的四環素類、喹諾酮類(沙星類)禁用，可導致腦性核黃疸及溶血性貧血的磺胺類藥和呋喃類藥避免應用。
(3)新生兒期由于腎功能尚不完善，主要經腎排出的青霉素類、頭孢菌素類等β-內酰胺類藥物需減量應用，以防止藥物在體內蓄積導致嚴重中樞神經系統毒性反應的發生。
(4)新生兒的體重和組織器官日益成熟，抗菌藥物在新生兒的藥代動力學亦隨日齡增長而變化，因此使用抗菌藥物時應按日齡調整給藥方案。