近親結婚所生孩子患遺傳性疾病的風險比非近親結婚者大得多。
近親為什么會使后代的遺傳性疾病發病率增高呢？因為生物的遺傳是通過基因傳遞信息來完成的。基因是遺傳的物質基礎，通過生殖細胞傳給后代，從而使父母的性狀特點在子代得以表達。每個子女與父母之間的基因有l/2可能相同；所有同胞兄弟姐妹之間的基因也有1/2可能相同；爺孫、叔侄、舅甥等之間有1/4可能相同；而表姐妹、堂兄妹等之間則有1/8可能相同。某些遺傳性疾病，致病基因是隱性的，如果雙方中一方帶有這種基因，而另一方不帶，則致病基因可被掩蔽，于是后代不發病。只有當夫婦雙方都攜帶這種隱性基因，后代才會發病。因此，近親結婚使隱性遺傳病發病的機會增高，如白化病、先天性聾啞；小腦畸形、苯丙酮尿癥、半乳糖血癥等；還可以使多基因遺傳病發病率增高，常見的有腦積水、脊柱裂、無腦兒、精神分裂癥、先天性心臟病、癲癇等。