中草藥中的紅花、枳實、蒲黃、麝香、當歸等，具有興奮子宮的作用，易導致宮內胎兒缺血缺氧，致使胎兒發育不良和畸形，甚至引起流產、早產和死胎；大黃、芒硝、大戟、商陸、巴豆、芫花、牽牛子、甘遂等中草藥，可通過刺激腸道，反射性引起子宮強烈收縮，導致流產、早產；
有些中草藥本身就具有一定的毒性，如斑蝥、生南星、附子、烏頭、一枝蒿、川椒、蜈蚣、甘遂、芫花、朱砂、雄黃、大戟、商陸、巴豆等，它們所含的各種生物堿及化學成分十分復雜，有的可直接或間接影響胎兒的生長發育。
尤其是懷孕的最初3個月內，除慎用西藥外，中草藥亦慎用，以免造成畸胎。中藥雄黃肯定有致畸胎兒作用，孕婦應絕對禁忌內服。朱砂含有可滲性汞鹽(即水銀)，可在孕婦體內蓄積，導致新生兒小頭畸形、耳聾、斜視、智力低下等。
需引起孕婦重視的是，許多有毒副作用的中草藥，常以配方形式出現在中成藥之中。所以對含上述中草藥的中成藥須警惕，對注明有孕婦禁用、慎用的中成藥，應避免服用。
當然，孕婦患病也應及時治療，勿諱疾忌醫。更何況在數千種中草藥中，有不良作用的畢竟是極少數。但在就診時應向醫生說明自己已懷孕，請醫生權衡利弊，盡量選擇安全無副作用的藥物。