2、牛奶中的鐵并不容易被小兒吸收，而導致缺鐵性貧血。雖然配方奶中添加了鐵，但這會增加嬰兒收到感染的危險性。
3、太多鈣與磷可能會造成嬰兒抽搐及僵直。
4、嬰兒的健康生長需要較多不飽和脂肪酸，而牛奶中含較多飽和脂肪酸，牛奶也缺乏足夠的必須脂肪酸，沒有足夠的膽固醇供應正在成長的腦部使用，嬰兒配方奶中雖然添加某些不飽和脂肪酸，但是其長鏈不飽和脂肪酸的分布比例不均，且不含膽固醇。
5、牛奶中所含的胺基酸組成不適合嬰兒，并且不易被嬰兒不成熟的腎臟排出，而且胱胺酸及氨基乙黃酸含量較少。
6、牛奶不易消化，不含分解脂肪酵素，同時大量的酪蛋白會形成乳凝塊，由于不易消化，在胃部停留時間較久，所以嬰兒在間隔較長的時間后才會有饑餓感餓。
7、吃牛奶的嬰兒的大便較稠而硬，可能會造成便秘。
8、早期吃牛奶的嬰兒會有過敏問題，如氣喘、濕疹及牛奶不耐癥。
9、以奶瓶喂食配方奶的嬰兒容易因為吸吮未滿足而過度喂食，增加腎負荷及肥胖機會。
10、吃過奶瓶的嬰兒會產生拒絕乳房的情況，在幾餐奶瓶的喂養后，就有可能造成母乳喂養失敗。
11、生活狀況較差的家庭可能無法提供足夠的配方奶給嬰兒吃，她們可能在奶瓶中放少量的奶粉，或尋找替代品，所以瓶喂的嬰兒常有嚴重的營養不良。