人工的食品，尤其是放于奶瓶中時，常受到細菌污染，可能在奶水聞起來發酸前，就對嬰兒有害了，奶瓶很難清洗，而且必須每次消毒，細菌在人工食品內，尤其是在溫暖奶瓶中，繁殖非常快。
感染
人工食品不含抗感染因子，人工喂養的嬰兒，即使是吃干凈的食品，仍比較容易有腹瀉或其它感染。
持續腹瀉
人工喂養的嬰兒，比較容易腹瀉超過兩周以上，持續性的腹瀉比較難治療，并可造成嚴重的營養不良，有時必須停止人工喂食，才能治療此情形。
人工喂養的嬰兒比較容易生病
缺乏維生素
牛奶沒有足夠的維生素，尤其是維C，(配方奶已經添加維生素)
缺乏鐵
牛奶中的鐵不好吸收，會造成嬰兒缺鐵性貧血。配方奶中有添加鐵以預防鐵不夠，但添加鐵則增加嬰兒感染的危險性。
奶瓶喂食可造成營養不良
太多鹽
牛奶含太多鹽，有時可能造成嬰兒高血壓及抽搐。
太多鈣和磷
可造成手足抽搐及強直。(嬰兒配方奶中的電解質已做適當調配)。
不適當的脂肪
牛奶含較多的飽合脂肪酸，嬰兒要健康地生長需要較多的不飽和脂肪酸。
反而，牛奶卻缺乏足夠的必需脂肪酸，沒有足夠的膽固醇供正在成長的腦部使用(嬰兒配方奶中雖有添加一些不飽和脂肪酸，但其長鏈不飽和脂肪酸的分布比例不均，且不含膽固醇。
不適當的蛋白質
牛奶含太多的酪蛋白，且所含的胺基酸組成不適合嬰兒，不易為嬰兒不成熟的腎臟排出，胱胺酸及胺基乙黃酸含量較少(嬰兒配方奶中已有添加)。
不易消化
牛奶不易消化，不含分解脂肪酵素，同時，酪蛋白會形成乳凝塊。由于它不易消化，在胃停留的時間比較長，所以嬰兒隔較久時間才感覺餓，嬰兒的大便較稠而硬，可能造成便秘。
過敏
早期吃牛奶的嬰兒比較會有過敏問題，如氣喘、濕疹及牛奶不耐癥。
肥胖
以奶瓶喂食配方奶的嬰兒容易因為吸吮需求未滿足，而過度飲食，增加腎負荷及肥胖的機會。
吸奶問題
吃過奶瓶的嬰兒可能不會吸乳房，而產生拒絕乳房。幾次奶瓶的喂食，就可能造成哺乳失敗.